Печковский Г.А., Абрамович А.В., Котенева Е.А. Метаанализ геномных и интерактомных данных взаимодействия между хозяином и B. Anthracis

DOI: https://doi.org/10.15688/jvolsu11.2018.2.12

Григорий Александрович Печковский
младший научный сотрудник лаборатории постгеномных технологий, Ставропольский противочумный институт Роспотребнадзора
ул. Советская 13-15, 355012 г. Ставрополь, Российская Федерация
stavnipchi©mail.ru
 
Алёна Владимировна Абрамович
младший научный сотрудник лаборатории постгеномных технологий, Ставропольский противочумный институт Роспротребнадзора
ул. Советская 13-15, 355035 г. Ставрополь, Российская Федерация
Этот адрес электронной почты защищен от спам-ботов. У вас должен быть включен JavaScript для просмотра.
 
Елена Анатольевна Котенева
научный сотрудник лаборатории постгеномных технологий, Ставропольский противочумный институт Роспротребнадзора
ул. Советская 13-15, 355035 г. Ставрополь, Российская Федерация
stavnipchi©mail.ru
 
Аннотация. Для получения омиксных данных используются разнообразные методики, на выходе этих 
экспериментов получаются разнородные по типу данные, которые, тем не менее, могут быть сведены к 
последовательностям (белков или генов) для их дальнейшего метаанализа. Предлагаемый алгоритм был реализован на языке python, и основан на использовании программы BLAST с запросом определенной сборки, последующего множественного выравнивания начальных и сгруппированных последовательностей. С помощью данного алгоритма были проанализированы последовательности белков B. аnthracis или H. sapiens из интерактома (IMEx IM-13779), полученные из базы данных Uniprot. В анализе использовались геномные 
данные 36 полных RefSeq геномов представителей B. cereus group (B. anthracis, B. cereus, B thuringiensis, B. mycoides).
 
Ключевые слова: метаанализ, геном, интерактомные данные, B. Anthracis.
Лицензия Creative Commons
Произведение « Метаанализ геномных и интерактомных данных взаимодействия между хозяином и B. Anthracis» созданное автором по имени Печковский Г.А., Абрамович А.В., Котенева Е.А., публикуется на условиях лицензии Creative Commons «Attribution» («Атрибуция») 4.0 Всемирная.
Вложения:
Скачать этот файл (8_Pechkovskij i dr..pdf) 8_Pechkovskij i dr..pdf
URL: https://ns.jvolsu.com/index.php/ru/component/attachments/download/572
190 Скачивания